Godine 1688. poceo je prodor austrijske vojske u Srbiju. U Turskoj carevini izbijaju neredi, pojavljuju se odmetnici i u Srbiji bukte ustanci. U jesen 1689. godine Austrijanci su zauzeli Nis, Prokuplje i Leskovac, cime su potpuno onemogucene bilo kakve veze izmedju Prokuplja i Dubrovnika.

Godine 1690. prilikom povlacenja, Austijanci su razorili Prokuplje. Ni posle povlacenja austrijske vojske, dubrovacka trgovina u juznoj Srbiji nije obnovljena.

Sa unistenjem dubrovacke trgovine u juznom Pomoravlju, Prokuplje je izgubilo svoju privrednu ulogu u ovom kraju. Trgovacki kapitali, formirani u Prokuplju, povuceni su u Dubrovnik.

Prokuplje je opet postalo malo i siromasno mesto, u kome su Turci jos gotovo puna dva veka bili gospodari.

Gotovo jedini vidljiv trag o postojanju dubrovacke trgovacke kolonije sacuvan je u nazivu male crkve u podnozju Hisara, u kojoj je vrsena sluzba za katolicki zivalj kolonije, pa je u narodu ostao naziv “Latinska crkva“.