Сачувани натпис у манастирској Цркви сведочи да је храм подигнут као метох манастира Наупаре, а живописан 1492. године уз помоћ ктитора, игумана Данила и Матеја и приложника. Манастир се помиње у турским тефтерима из XV и XVI века и поседује велико имање. У манастиру је постојала школа, а била је развијена и преписивачка делатност. Манастирска Црква је неколико пута страдала, први пут највероватније у XVII веку. Б. Ђинђић бележи да су после Прве сеобе Срба 1690. године Арнаути, након опустошења Топлице разграбили манастирско имање, али и да је један од њих, по имену Ајдан сачувао манастир од даљих пустошења. По њему је манастир у примио турско име Ајдановац.
     Манастир је дуго био пуст, а манастирска Црква је обновљена тек 1887. године. Након Берлинског конгреса и ослобођења Топлице 1878. године, Турци и Арнаути бивају протерани. 1899. године, Феликс Каниц посетио је овај манастир и записао да је манастирска Црква тада била „једина богомоља у целој области.“ Каниц бележи да је Црква обновљена 1884. године, али је вероватније да се то догодили 1887. године. Обнову манастира је помогао краљ Милан Обреновић, који је сазидао манастирске конаке и спомен чесму.

izvоr https://eparhijaniska.rs/manastiri/manastir-ajdanovac